Za dijagnosticiranje sindroma iritabilnog crijeva prvo treba isključiti organske bolesti, npr. B. kolonoskopijom ili gastroskopijom. U naturopatiji se sveobuhvatni pregled stolice također pokazao korisnim, jer daje važne naznake neravnoteže u mikrobiomu, oštećenja sluznice ili upalnih procesa. Kombinacija anamneze, dijagnostike stolice i krvi omogućava ciljano liječenje.