Typische Symptome einer Dünndarmfehlbesiedelung (SIBO) sind Blähungen, Völlegefühl nach dem Essen, Bauchschmerzen, Durchfall oder Verstopfung, fettige Stühle sowie Nahrungsmittelunverträglichkeiten, insbesondere gegenüber fermentierbaren Kohlenhydraten. Auch systemische Symptome wie Müdigkeit, Konzentrationsprobleme, Hautprobleme oder Vitaminmängel (z. B. Vitamin B12) können auftreten. Da die Beschwerden oft diffus sind, wird SIBO häufig übersehen. Wer unter chronischen Verdauungsbeschwerden leidet, sollte daher eine Abklärung auf SIBO in Betracht ziehen.