Die Dünndarmfehlbesiedelung (SIBO) wird in der Regel mittels eines Atemtests diagnostiziert. Dabei trinkt die betroffene Person eine spezielle Zuckerlösung (meist Glukose oder Laktulose), woraufhin in regelmäßigen Abständen die Konzentration von Wasserstoff und Methan in der Ausatemluft gemessen wird. Ein schneller Anstieg dieser Gase deutet auf eine bakterielle Fehlbesiedelung hin. Ergänzend können Bluttests, Stuhluntersuchungen und bildgebende Verfahren durchgeführt werden, um andere Ursachen auszuschließen. Eine frühzeitige Diagnose ist wichtig, um SIBO effektiv behandeln zu können.