Zur Abklärung eines Reizdarms sollten zunächst organische Erkrankungen ausgeschlossen werden, z. B. durch eine Darm- oder Magenspiegelung. In der Naturheilkunde hat sich außerdem eine umfassende Stuhluntersuchung bewährt, da sie wichtige Hinweise auf Ungleichgewichte im Mikrobiom, Schleimhautschäden oder Entzündungsprozesse liefert. Eine Kombination aus Anamnese, Stuhl- und Blutdiagnostik ermöglicht eine gezielte Behandlung.