Tipični simptomi prekomjernog rasta bakterija u tankom crijevu (SIBO) uključuju nadimanje, osjećaj sitosti nakon jela, bolove u trbuhu, dijareju ili zatvor, masnu stolicu i netoleranciju na hranu, posebno na fermentirajuće ugljikohidrate. Mogu se javiti i sistemski simptomi kao što su umor, problemi s koncentracijom, problemi s kožom ili nedostaci vitamina (npr. vitamina B12). Budući da su simptomi često difuzni, SIBO se često zanemaruje. Svako ko pati od kroničnih probavnih problema trebao bi stoga razmotriti testiranje na SIBO.