Čišćenje crijeva ima za cilj uspostavljanje ravnoteže u crijevima – posebno crijevne flore, sluzokože i funkcije probave. Koriste se probiotici, biljni lijekovi i ciljana prehrana. Mnogi bolesnici prijavljuju značajno olakšanje simptoma iritabilnog crijeva nakon individualno prilagođenog čišćenja crijeva.