Neliječena crijeva koja cure mogu doprinijeti razvoju ili pogoršanju autoimunih bolesti. Zbog stalne propusnosti crijevnog zida, strane tvari ulaze u krv, što dovodi do kronične upale i pretjerane reakcije imunološkog sistema. Dugoročno, imuni sistem može izgubiti razliku između „stranog“ i „sebe“ – počinje da napada sopstvene strukture tela. Ovaj mehanizam se može otkriti kod mnogih autoimunih bolesti kao što su Hashimoto, reumatizam ili celijakija. Stoga je zdrava, čvrsta crijevna barijera neophodna za regulaciju imunološkog sistema i suprotstavljanje autoimunim procesima.