Liječenje prekomjernog rasta bakterija u tankom crijevu (SIBO) obično se odvija u nekoliko koraka: Prvo, bakterijski rast se smanjuje upotrebom antibiotika kao što je rifaksimin ili biljnih lijekova (npr. ulje origana ili berberin). Paralelno s tim, ishrana igra centralnu ulogu – mnogi pacijenti imaju koristi od dijete sa niskim sadržajem FODMAP-a ili posebne dijete sa ugljikohidratima. Podržavanje crijevne pokretljivosti i ciljanog razvoja crijevne flore probioticima i prebioticima također su važne komponente terapije. Cilj nije samo kratkoročno ublažavanje simptoma, već i dugoročna stabilizacija zdravlja crijeva.