Prekomjerni rast bakterija u tankom crijevu (SIBO) obično se dijagnosticira pomoću testa daha . Oboljela osoba pije poseban rastvor šećera (najčešće glukozu ili laktulozu), nakon čega se u redovnim intervalima mjeri koncentracija vodika i metana u izdahnutom zraku. Brzi porast ovih gasova ukazuje na prekomerni rast bakterija. Osim toga, mogu se obaviti testovi krvi, pregledi stolice i postupci snimanja kako bi se isključili drugi uzroci. Rana dijagnoza je važna za efikasno liječenje SIBO-a.